プロフェッサーX率いる“X-MEN”は、人類抹殺計画を企てたマグニートー一味を倒し、マグニートーを牢獄に幽閉。人間との共存による平和が訪れるかに思われた。しかし、人類のミュータントに対する偏見や嫌悪はやがてX-MENたちにも向けられていく。そんな時、謎のミュータントによる大統領暗殺未遂事件が発生する。これにより、人類はミュータントの脅威に改めて恐れおののき、反ミュータント運動を加速させる結果となる。そして、その運動の先頭には、ミュータントへの生体実験を噂される元陸軍司令官で大富豪のストライカーがいた。